组织体系
 
IME内设科研平台、技术研发平台及支撑平台,分别为5个科研平台:微型生物储碳过程与环境效应研究平台、微型生物重要生源要素生态过程研究平台、微型生物多样性与生物地理学研究平台、生物信息学与系统生物学研究平台、生态模型与海洋碳汇研究平台;3个技术平台:海洋微型生物检测技术研发中心、海洋微型生物基因芯片研发中心、海洋微型生物现场设施研发中心;3个支撑平台:海洋微型生物保藏中心、海洋微型生物信息中心、IME管理办公室。

      设立“IME管理委员会,由科研平台、技术研发平台、支撑平台及办公室代表组成,任期2年;作为服务IME公共管理事务的义务,由所有IME正式成员轮流担任。主要职责包括IME平台设置、日常管理、人事聘用等事务。设立“IME学术指导委员会,由国内外海洋微型生物领域知名专家学者组成,任期4年。负责对IME学术研究方向提出建议,进行指导;对首席科学家进行评估。IME负责平台层面的管理,鼓励平台内部采取多样化管理模式;对平台整体运行情况进行评估。