科研动态
 
郑强助理教授在《Frontiers in Microbiology》杂志发表文章
发布日期:2016-7-7

 

A comparison of 14 Erythrobacter genomes provides insights into the genomic divergence

and scattered distribution of phototrophs

Qiang Zheng1, Wenxin Lin1, Yanting Liu1, Chang Chen2, 3 and Nianzhi Jiao1

1 Institute of Marine Microbes and Ecospheres; State Key Laboratory of Marine Environmental Science, Xiamen University, Xiamen, Fujian 361102, People’s Republic of China.

2 CAS Key Laboratory of Tropical Marine Bio-resources and Ecology, South China Sea Institute of Oceanology, CAS, Guangzhou, China.

3 Xisha Ocean Observation and Research Station, South China Sea Institute of Oceanology, CAS, Guangzhou, China.

 

好氧不产氧光合细菌(AAPB)是一类含细菌叶绿素的功能微生物类群。Erythrobacter属是第一个被鉴定为含有AAPB的系统发育类群。本研究中,我们比较了14个属于Erythrobacter属的细菌基因组,其中7个属于AAPB,另外7个属于non-AAPB。非常有意思的是,7AAPB的系统发育关系在一个属内是离散分布的。所有的14株细菌基于基因组核心基因分析、基因组平均核酸相似性分析和单个基因的系统发育分析都可以分为三个亚类。7AAPB基因组散布在三个亚类中,光合基因的水平基因转移和丢失被发现都存在这个属中。光合基因簇的组成和结构在7AAPB的基因组中是非常一致的。14Erythrobacter属的细菌基因组大小变化很大,从2.723.60 M,核心基因和泛基因为12318170个同源基因。14个基因组中普遍含有一类叫结合整合元件(ICE)的基因结构,它们在塑造和贡献Erythrobacter属泛基因组中起到了非常重要的作用。我们的研究暗示了Erythrobacter属细菌基因组正在进行的分化和光合基因离散分布的特征。

      图 7AAPB中光合基因簇的结构和排列。 Green, bch genes; red, puf and regulator genes; pink, puh genes; orange, crt genes; blue, hem and cyc gene; yellow, lhaA gene; blank, uncertain or unrelated genes; and gray, hypothetical protein. 箭头代表基因转录方向。